Parafia w Chojnacie pod wezwaniem św. Marcina została erygowana w XIII w. Pierwszy budynek, prawdopodobnie drewniany, został tu wzniesiony i wyposażony w 1278 r. przez księcia mazowieckiego Bolesława. Najprawdopodobniej także na koszt władców Mazowsza powstała tu w 1334 r. pierwsza murowana świątynia, wzniesiona z cegły palonej, która stanowi dzisiejsze prezbiterium.