W Konferencji Episkopatu Polski był członkiem Rady ds. Wychowania Katolickiego, Komisji ds. Instytutów Życia Konsekrowanego i Stowarzyszeń Życia Apostolskiego, Komisji ds. Duchowieństwa i Komisji ds. Duszpasterstwa Akademickiego.

Od 25 marca 1992 r. był biskupem pomocniczym diecezji warszawsko-praskiej, wikariuszem generalnym, prałatem Kapituły Katedralnej, zastępcą przewodniczącego Rady Kapłańskiej, członkiem Kolegium Konsultorów, przewodniczącym Wydziałów Administracji Ogólnej i Nauki Katolickiej Kurii Biskupiej Warszawsko-Praskiej.

Po objęciu przez abp. Sławoja Leszka Głódzia archidiecezji gdańskiej 28 kwietnia 2008 r. Kolegium Konsultatorów wybrało bp. Kędziorę na urząd administratora apostolskiego. Funkcję tę sprawował do 28 czerwca 2008 r.

Postanowieniem prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego z 17 lipca 2008 r. został odznaczony, w uznaniu wybitnych zasług dla Kościoła w Polsce i pracę duszpasterską, Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski.

Papież Benedykt XVI 5 stycznia 2011 r. przyjął rezygnację bp. Stanisława z posługi biskupa pomocniczego diecezji warszawsko-praskiej.

Biskup Stanisław zmarł 25 grudnia 2017 r. po wieloletniej ciężkiej chorobie, w 60. roku kapłaństwa, 31. roku posługi biskupiej.

Inni zmarli niedawno kapłani:

• Ks. Stanisław Warzeszak, moralista, proboszcz parafii na Wrzecionie
• Ks. Józef Wojciechowski, twórca Centrum Księdza Orione w Brańszczyku k. Wyszkowa
• Ks. kan. Marek Janicki, były proboszcz parafii Przemienienia Pańskiego w Wieliszewie
• Ks. Edmund Andrzej Rzeszowski
• Ks. prał. Stefan Wysocki, były proboszcz parafii Opatrzności Bożej w Warszawie-Wesołej
• Ks. Jan Marcjan, budowniczy siedziby Sekretariatu Episkopatu Polski
• Ks. prał. Franciszek Rutkowski
• Ks. dr mjr Henryk Kietliński SAC, opiekun kombatantów i były prowincjał pallotynów
• Ks. kan. Krzysztof Krzesiński, proboszcz parafii św. Wawrzyńca w Gliniance
• Ks. Ireneusz Jędryszek, proboszcz Zalesia Górnego
• Ks. prałat Tadeusz Wasiluk, były proboszcz parafii w Jabłonnie
• Ks. Janusz Sajnóg, proboszcz parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa w Ursusie
• Ks. Józef Stanisław Misiak
• Ks. Andrzej Ruszkowski, proboszcz parafii MB Królowej Polski w Leśnej Polanie
• Ks. kan. Józef Adam Kozłowski
• Ks. kan. Wojciech Wiesław Makowski, proboszcz parafii MB Królowej Polski w Markach-Pustelniku
• Ks. prał. Kazimierz Gers, proboszcz parafii św. Małgorzaty w Łomiankach
• Ks. prał. Aleksander Smogorzewski, sędzia Sądu Metropolitalnego Warszawskiego
• Ks. Jan Szymborski, egzorcysta (galeria)