Klasztor i kościół przez cały czas stanowiły ostoję patriotyzmu. Po trzecim rozbiorze Polski Miedniewice znalazły się w zaborze rosyjskim. W wyniku represji po powstaniu styczniowym władze carskie zarządziły w 1864 r. kasatę klasztoru posługujących tu reformatów. Na miejscu pozostawiono jedynie dwóch zakonników. Jeden z nich wkrótce zmarł. Wszystkie obowiązki spadły na o. Kajetana Grzeszkiewicza.